Ahli Dewan Undangan Negeri (ADUN) Kawasan N51 Kunak, Yang Berhormat Encik Nilwan Kabang telah membuat lawatan mengejut ke sekolah berkenaan pada 8 Julai 2009. Memandangkan kepada keretakan yang semakin bertambah, beliau turut melahirkan rasa bimbang akan keselamatan para pelajar dan juga guru jika aktiviti terus dijalankan di bangunan sekolah tersebut.
Menjawab soalan ibubapa, Pengetua SMK Kunak Jaya, Encik Nor Aslam Mano Abdullah memberitahu bahawa keretakan awal telah dikesan sejak setahun yang lalu dan pihak sekolah telah membuat laporan kepada pihak Jabatan Kerjaraya (JKR). Laporan yang sama juga telah dibuat kepada Unit Pembangunan Jabatan Pelajaran pada 4 Ogos 2008. Pihak JKR dari Kota Kinabalu telah datang membuat pemeriksaan dan laporan status dari pemeriksaan tersebut yang dikeluarkan pada 25 Ogos 2008 mengisytiharkan bahawa keadaan bangunan tersebut masih dalam peringkat memuaskan pada keseluruhannya.
Pada 2hb Julai 2009 telah berlaku kejatuhan ‘slab’ dari laluan pelajar yang menghubungi dua bangunan utama sekolah. Ini menyebabkan para guru menjadi cemas. Menyedari bahawa tanggungjawab mereka bukan semata-mata menurunkan ilmu kepada para pelajar tetapi bahkan juga menjaga keselamatan para pelajar semasa berada di kawasan sekolah, guru-guru SMK Kunak mengambil keputusan untuk mengeluarkan semua pelajar dari bangunan tersebut.
Walau bagaimanapun, sebagai guru yang dedikasi, mereka terus juga melaksanakan tugas utama, iaitu mendidik para pelajar. Dimana saja ada tempat berteduh di kawasan sekolah, disitulah kelas diadakan. Tidak hairanlah jika SMK Kunak Jaya teleh berjaya meraih berbagai anugerah setiap tahun.
Untuk meneruskan aktiviti pengajaran dan pembelajaran dewan, kantin, kolong flet guru, malah pondok menunggu bas sekolah telah dijadikan bilik darjah sementara. Oleh kerana bilik darjah sementara ini terpaksa dikongsi oleh beberapa kelas, contohnya kantin sekolah yang dikongsi oleh tiga kelas, maka keadaan pembelajaran tidak begitu kondusif.
Dalam mesyuarat tergempar ini, ibubapa sebulat suara bersetuju untuk melakukan sesuatu bagi membantu pihak sekolah memperbaiki keadaan sementara menunggu pembaikpulihan bangunan sekolah. Antara yang dipersetujui ialah membuat dinding boleh alih (portable partition) untuk memisahkan kelas-kelas yang berkongsi bilik darjah dan juga pembinaan bilik darjah kilat. Atas cadangan salah seorang ibubapa, derma kilat telah dilancarkan dimana sejumlah RM 1635.00 telah dikumpul dari kalangan ibubapa yang hadir.
Ibubapa dan guru-guru sekolah ini merayu agar pihak kerajaan dapat mengatasi masalah ini secepat mungkin agar kecemerlangan SMK Kunak Jaya boleh terus dipertahankan.